แม้บทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนจะมีข้อดีอยู่มากมาย แต่ก็ยังมีข้อจำกัดอีกหลายประการซึ่ง สุวิมล เขี้ยวแก้ว (2542 : 9-10) ได้กล่าวถึงข้อจำกัดของบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอน ซึ่งสรุปได้ดังนี้
3.11.1 การที่ผู้สอนจะเป็นผู้ออกแบบบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนนั้น เป็นงานที่ต้องอาศัยความสามารถ เวลา และความร่วมมือกับผู้รู้หลาย ๆ ฝ่าย จึงเป็นงานที่เพิ่มภาระแก่ผู้สอนมากพอสมควร และการอบรมบุคลากรให้มีความรู้ความเข้าใจในการสร้าง และการใช้บทเรียนได้อย่างมีประสิทธิภาพนั้นมีอยู่ในวงจำกัด
3.12.2 เนื่องจากบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอน ต้องวางโปรแกรมบทเรียนไว้ล่วงหน้าและมีลำดับขั้นตอนในการสอน ค่อนข้างแน่นอน จึงอาจเป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาความคิด ริเริ่มสร้างสรรค์ของผู้เรียนได้
3.11.3 ราคาแพง ค่าใช้จ่ายในการซื้อ และบำรุงรักษาเครื่องคอมพิวเตอร์ มีราคาแพงทำให้สถานศึกษาเตรียมเครื่องคอมพิวเตอร์ และโปรแกรมไว้ให้พอเพียงกับความต้องการของผู้ใช้ทั้งยังขาดอุปกรณ์ที่มีคุณภาพมาตรฐานเดียวกัน เพื่อนำมาใช้กับคอมพิวเตอร์ต่างระบบกันอีกด้วย
3.11.4 ผู้เรียนขาดทักษะทางสังคม ผู้ทรงคุณวุฒิได้ให้ข้อคิดว่า หากผู้เรียนใช้เวลากับการเรียนด้วยบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนมารกเกินไป อาจจะทำให้ขาดทักษะทางสังคมในการสื่อสารได้อย่างเหมาะสมและมีคุณภาพ ดังนั้นผู้สอนควรตระหนักอยู่เสมอว่า การให้กำลังใจแก่ผู้เรียนโดยการได้รับทราบจากหน้าจอคอมพิวเตอร์ว่าตอบคำถามได้ถูกต้องนั้นอาจจะไม่เพียงพอ การได้รับการยอมรับจากเพื่อน ครู และผู้ปกครอง จะเป็นสิ่งที่ช่วยให้ผู้เรียนมีพลังใจที่เข้มแข็ง และมีแรงบันดาลใจตั้งใจศึกษาและปฏิบัติงานอย่างมีประสิทธิภาพต่อไป
3.11.5 ความสอดคล้องของโปรแกรมที่มีจำหน่าย กับสาระที่กำหนดไว้ในหลักสูตร แม้จะมีโปรแกรมสำเร็จรูปที่น่าสนใจ และสามารถนำมาใช้เพื่อเพิ่มพูนความรู้ให้แก่ผู้เรียนวางขายในท้องตลาดอยู่บ้าง แต่บางครั้งก็มีสาระที่ไม่ตรงกับส่งที่กำหนดไว้ในหลักสูตร ผู้สอนก็ต้องตัดสินใจว่าควรจะนำมาใช้ประกอบการสอนหรือไม่ และถ้านำมาใช้จะใช้ในลักษณะใด
3.11.6 การออกแบบโปรแกรมคอมพิวเตอร์ เพื่อใช้ในการเรียนการสอนนั้นนับว่ายังมีน้อยเมื่อเทียบกับการออกแบบโปรแกรมเพื่อใช้ในวงการอื่น ๆ และโปรแกรมที่มีอยู่ก็ยังได้รับคำวิจารณ์ว่าคุณภาพไม่ดีนัก บางโปรแกรมพยายามเน้นที่สีสันและรูปแบบที่น่าตื่นตาตื่นใจ แต่ด้อยค่าในแง่สาระ ความรู้ อาจกล่าวได้ว่าการเลือกซื้อโปรแกรมดี ๆ ที่ตรงกับวัตถุประสงค์ของการสอน มีเนื้อหาครบถ้วน ยังเป็นสิ่งที่ทำได้ค่อนข้างยาก
แม้จะกล่าวได้ว่าบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนมีประโยชน์มากมาย แต่ก็ยังมีข้อจำกัดหลายประการ เช่น การผลิตบทเรียนคอมพิวเตอร์ช่วยสอนที่มีคุณภาพต้องอาศัยผู้ผลิตที่มีความรู้ ความสามารถ การใช้เวลาในการสร้างบทเรียนรวมทั้งโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ดีตรงกับความต้องการของผู้ใช้ เป็นต้น
